2015年4月，经国务院同意，中央编办、国务院法制办批准，南通在全国率先启动国家级相对集中行政许可权改革试点工作，2015年8月20日，全国首家地级市行政审批局——南通市行政审批局正式挂牌成立。市行政审批局是市政府工作部门，挂市政务服务管理办公室牌子，下辖市公共资源交易中心、市政务服务代办中心。

南通市行政审批局主要负责办理市级涉及市场准入、投资管理、规划审查、安全审查、工程许可等方面的行政审批事项，并负责组织、协调、监督、考核、管理政务服务大厅进驻部门依法、高效办理行政审批、政府公共服务、公共资源交易事项。南通市政务服务大厅共五层，建筑面积35000平方米，入驻部门单位50个，办事窗口366个，工作人员700多名，另设公安车管、房产、口岸、人民银行等分中心。市公共资源交易中心负责经办工程建设招投标、政府采购、土地使用权出让、国有产权交易等11类交易事项。市政务服务代办中心负责提供市本级部门办理的审批事项以及供电、供水、供气等公共服务事项的代办、帮办服务。

南通市行政审批局机关行政编制62名；南通市公共资源交易中心事业编制40名；南通市政务服务代办中心事业编制22名。